La chiesa ed il convento, ad essa attiguo, è il classico esempio di costruzione dell'ordine degli alcantarini. Questi Insediatisi a Parabita nel 1731 portarono a compimento la costruzione della chiesa e del convento rispettando scrupolosamente i canoni dell'ordine, e convertendo tutto secondo i loro schemi. L' ordine degli alcantarini, facenti parte della famiglia dei frati minori francescani riformati, si pregiava della regola di forte clausura monastica, nel trascorrere ore intere in orazione, privandosi del poco cibo a disposizione. La loro presenza altalenante per le vicende storiche nelle guerre franco-spagnole terminò nel 1866, quando a custodire il convento era rimasto un solo alcantarino, e si decise di utilizzare il vasto orto come cimitero.
La chiesa presenta sulla facciata due immagini molto rovinate dal tempo, raffiguranti il fondatore dell'ordine San Pietro D'Alcantara e San Pasquale Baylon.
L'interno della chiesa, riccamente decorato, presenta un basamento majolicato e diversi altari ai lati. L'altare maggiore si presenta finemente lavorato nelle colonne e nel prospetto. Attualmente vi opera la confraternita di San Luigi, santo venerato in modo solenne dai parabitani. Nella chiesa poi sono presenti le statue di San Tommaso D'Aquino e quella di Gesù Lapidato "Ecce Homo". Una piccola curiosità: se venite a Parabita e chiedete della chiesa del Crocefisso pochi o nessuno vi saprà indicare come raggiungerla, se invece chiedete della chiesa di San Pasquale allora tutti vi sapranno rispondere.